開祖貞安（ていあん）上人は天文8年（1539年）に相模国三浦郡黒沼郷に生まれ、6歳で小田原の大蓮寺（浄土宗）の堯誉（叔父）に師事を受けます。
1549年に出家受戒し、その後堯誉に従って下総国の弘経寺に移り、若くして聰敏で浄土宗の奥儀を極めます。
貞安上人の評判は正親町（おおぎまち）天皇の知るところとなり、1572年に「聖誉上人」の号を与え、香衣を着て参内するよう命じられました。正親町天皇との関係は、この時から始まります。

そして、天正10年（1582年）の本能寺の変の後、正親町天皇は貞安上人が織田信長の尊崇を受けていたことを知り、追悼供養を行うことを命じられています。その後、宮中に招いて「選擇集（せんじゃくしゅう）」の講義をさせ、褒賞として「九条の袈裟」を賜りました。この袈裟は寺宝としていまに伝えられています。さらに、二条新御所を貞安に特別に寄進し、織田信長・信忠父子の追善供養を目的とした寺院「大雲院」を開設させたのです。

その後も、宮中との結びつきは強く、正親町天皇の譲位を受けて践祚した後陽成（ごようぜい）天皇は、天正十八年（1590年）に大雲院を勅願所となし、翌年寺号「大雲院」の宸筆（しんぴつ）の勅額（ちょくがく）を下賜されています。